秦琼究竟有没有参加玄武门之变呢？很多人会想当然地认为没有参加，因为他忠于的是大唐而不是李世民，所以才排在凌烟阁二十四功臣的最末，但真的是这样的吗？并不是。
我们必须要知道一点，秦琼是秦王府护军，他首先要做的就是忠于李世民，作为秦王府的一员猛将，他如果不忠于李世民，李世民是不可能容得下他的，这是很明显的一个事实。
而且，秦琼参与玄武门之变是有明确记载的：《旧唐书·太宗本纪》记载：“（武德）九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。”
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《旧唐书·秦叔宝传》记载：“六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。”
《旧唐书·长孙顺德传》记载：“武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。”
《新唐书·秦琼传》记载：“及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。”
也就是说，秦琼参加玄武门之变是在两唐书中有明确记载的，另一个佐证就是玄武门之变后，秦琼得到的封赏：正三品的左武卫大将军、实封七百户。
和程知节（程咬金）差不多，程知节是右武卫大将军，实封七百户。
那么，既然秦琼参加了玄武门之变，为什么排在凌烟阁二十四功臣最末呢？很简单，凌烟阁二十四功臣并不是评定是否参加玄武门之变的一个标准。河间王李孝恭没有参加玄武门之变，不照样排在凌烟阁功臣的第二位？
东宫旧臣魏征没有参加玄武门之变，不照样排在凌烟阁功臣的第四位？
唐初名将李靖没有参加玄武门之变，不照样排在凌烟阁功臣的第八位？
萧皇后的弟弟萧瑀没有参加玄武门之变，不照样排在凌烟阁功臣的第九位？
武德五年（622年）就死了的殷开山不照样排在了凌烟阁功臣的第十三位？
刘师立、宇文士及、张士贵、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟偿等参加了玄武门之变的不照样进不了凌烟阁？
那么凌烟阁功臣的选择标准是什么呢？其实考量的是三个方面：平定天下、玄武门之变、贞观之治，也就是说是跟随李世民从平天下到治天下的过程中立下汗马功劳的功臣。基于此，李世民从众多的功臣中选择了功劳最多的24位功臣，让阎立本为他们画像，然后放置于凌烟阁，于是就有了凌烟阁二十四功臣。
当然，24位功臣该如何排名也是一个问题，很多人觉得是按照功劳排名的，其实并不是，功劳这种东西其实很难真正分得清谁大谁小。
而且有的早已经去世，有的正在为开创大唐盛世而努力，如何说谁的功劳大呢？所以凌烟阁功臣的排名并非以功劳论先后，而是以官职论大小，这样排名是最为人信服的，自然不会有人反对。
在世的看他们正在任职的官职，已经去世的看他们死后追赠的官职，在此基础上秉持死者为大的原则，就有了这个排名。
既然是看官职，自然有一个时间节点，即贞观十七年（643年），因着643年二月二十八日，“诏图画司徒、赵国公无忌等勋臣二十四人于凌烟阁。”（《旧唐书·太宗本纪》）
因此长孙无忌以正一品的司徒一职当之无愧地排在凌烟阁功臣的第一位，而房玄龄尽管也是正一品的司空，但因着李孝恭、杜如晦、魏征三人都在死后被追赠为司空。因此三人都排在了房玄龄前面，而房玄龄排在了第五位，排在房玄龄后面的官职都在正一品之下。
排在第六位的高士廉当时就是从二品的尚书右仆射和太子少师以及从一品的文散官开府仪同三司，而排在高士廉后面的尉迟敬德当时是正三品的右武侯大将军，还有一个从一品的文散官开府仪同三司，等等。
我们再来看看秦琼在643年之前的官职，秦琼病逝于638年，追赠的职位是正三品的徐州都督。
正三品在唐朝来说是一个很高的官职，但在二十四位功臣中只能排在最末，而秦琼之所以病逝后只有这么一个正三品的官职，和他的经历有关系。
不得不说，秦琼确实是李世民身边的一员猛将，非常勇猛，世人评价他的时候，离不开一个“勇”字，在唐初平定天下的过程中立功无数。
但也正是因为太勇猛了，在战场上损耗严重，他自己曾说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”所以等到玄武门之变之后，已经成为正三品左武卫大将军的秦琼经常生病，处于半病废在家的状态，他不能和尉迟敬德、程知节等猛将一样继续为大唐服务，到地方上任职、外出征战。
反而因着频繁的病痛只能留在京城，顶多做些长安的守卫工作，至于其他的军事行动以及国家大事，都和他无缘。
所以我们看贞观年间的秦琼几乎是个透明人，直到638年病逝都几乎没做啥事。
但李世民依旧是很看重这个跟着他征战沙场的猛将的，秦琼病逝后，李世民还特意下令在秦琼墓前造石人马，用以彰显秦琼的战功，这是独一份的荣誉。
五年后，李世民又将秦琼的画像置于凌烟阁，一方面让自己缅怀，一方面供后人景仰。
其实，之所以秦琼参加了玄武门之变却总让人觉得没有参加，大部分是受了《说唐全传》和《隋唐演义》等作品对秦琼的偏爱的影响。
